Ohne dass es die Menschen ahnen, führen Hunde und Katzen einen erbitterten Kampf gegeneinander. Die Katzen unter der Führung des Katers Mr. Tinkles wollen die Weltherrschaft an sich reißen. Die Hunde versuchen dies mit allen Mitteln zu verhindern. Als Agenten einer geheimen Organisation treten sie den Katzen entgegen. Um die Organisation geheim zu halten, spielen sie ihren Herrchen jedoch eine primitive, weniger entwickelte Rolle vor und sprechen nur untereinander, nicht in Gegenwart der Menschen.
Der menschliche Professor Brody arbeitet an einem Mittel gegen Hundeallergie. Da das Gelingen dieser Arbeit den Hunden einen entscheidenden Vorteil bringen würde, wird er und seine Familie rund um die Uhr von Agentenhunden überwacht, um sie gegen Übergriffe der Katzen zu schützen. Der Versuch, einen Agentenhund in die Familie einzuschleusen scheitert, stattdessen kommt der unausgebildete Welpe Lou in die Familie. Da sich die Versuche der Katzen, an das mittlerweile fertiggestellte Mittel zu kommen häufen, fehlt den Hunden die Zeit, Lou gegen einen professionellen Agenten auszutauschen und so muss er die Aufgabe übernehmen.
Den Katzen gelingt es, die Familie Brody zu entführen und an die Formel des Mittels zu gelangen. Sie wollen die Formel umkehren, sodass das Mittel anstatt eine Allergie zu verhindern, diese auslöst. Mäuse sollen die Menschen mit dem Mittel auf der ganzen Welt infizieren.
Die Agenten der Hunde stürmen die Fabrik von Mr. Mason, welche Mr. Tinkles und seine Katzen übernommen hatten um das Mittel zu produzieren. Als die Fabrik explodiert, scheint es, als ob Lou dabei stirbt. Er überlebt und spricht erstmals zu Scotty, dem er sagt, dass er sein Freund ist.
Den Hunden gelingt es, den teuflischen Plan der Katzen zu verhindern und Mr. Tinkles lebt fortan bei Mr. Masons Hausangestellter Sophie und ihren Schwestern, die ihn dazu zwingen, merkwürdige Kleidung zu tragen.