... 10 Jahre sind nun bereits nach dem Sieg der Erdförderation über das Herzogtum Zeon vergangen. Doch der lang umkämpfte Frieden scheint erneut ins Wanken zu geraten, als der totgeglaubte Char Aznable wieder auf der Bildfläche erscheint. Dieser hat in der Zwischenzeit die Führung der neu formierten Streitkräfte Neo-Zeons übernommen und plant einen Schlag gegen alle Menschen die nach wie vor auf der Erde leben. Dabei versucht er mithilfe eines kolossalen Kometen, eine nukleare Eiszeit auf dem blauen Planeten hervorzurufen und somit nur noch Leben innerhalb der Weltraumkolonien zu ermöglichen. Schließlich wird die Londo Bell-Einheit damit beauftragt, die schrecklichen Pläne von Char Aznable zu durchkreuzen. Dabei wird die Operation unter der Federführung von Bright Noa geleitet. Auch der erfahrene Gundam Pilot Amuro Ray ist Teil des gefährlichen Unterfangens, nicht zuletzt da er noch eine persönliche Rechnung mit seinem ärgsten Widersacher offen hat.