... Artgenossen in die Freiheit geführt hat. Die wenigen, verbliebenen Menschen haben sich derweil in den Untergrund zurückgezogen und zu den Primaten zurück entwickelt.
Als Schimpanse Noa Zeuge wird, wie sein Heimatdorf von Gorillas überfallen und dabei sein Vater getötet wird, schließt er sich dem Orang-Utan Raka an, der versucht das Vermächtnis von Caesar zu erhalten. An ihrer Seite ist auch das mysteriöse Menschenmädchen Nova.
Als Noa und Nova in eine Falle der Gorillas geraten, werden sie zum Königreich Proximus Caesars an die Meeresküste gebracht, wo die größten Geheimnisse der Menschheitsgeschichte verborgen liegen sollen ...