... politischen Spannungen zwischen der Erde und den ZAFT fanden am “blutigen Valentinstag” ihren Höhepunkt, was für beide Parteien unweigerlich zu einem militärischen Konflikt führte. Trotz der zahlenmäßigen Überlegenheit der Erde, dauert der Krieg nun bereits seit 11 Monaten an und fordert auf beiden Seiten schwere Verluste. Die friedliche Kolonie Orb gehört zum neutralen Gebiet und konnte sich somit bisher aus dem Krieg raushalten. Doch als die Streitkräfte der ZAFT unter Kommandant Rau Le Creuset von zwei mächtigen Kampfroboter-Einheiten der Erdallianz erfahren, die auf Orb stationiert sein sollen, wird die gesamte Kolonie zum Schauplatz kriegerischer Auseinandersetzungen. So gerät auch der Schüler Kira Yamato zwischen die Fronten. Obwohl er selbst zu der genmanipulierten Spezies der Coordinator gehört, hilft er der Erdallinaz-Offizierin Ramius aus ihrer Notlage, indem er die Kontrolle über einen Gundam erlangt. Durch seine Intervention gelingt es schließlich, die geheimen Kampfeinheiten zu sichern und die Feinde in die Flucht zu schlagen. Kira wird kurz darauf vor die Wahl gestellt sich den Erd-Streitkräften anzuschließen um somit seinen Beitrag zu leisten. Doch auf der gegnerischen Seite steht ihm sein alter Freund Athrun Zala entgegen, woraufhin er in einen moralischen Konflikt gerät.