Magneto ist im Gefängnis, Senator Kelly tot und durch die Gestaltenwandlerin Mystique ersetzt, die Gefahren für die Mutanten scheinen gebannt zusein.
Ein Mutant versucht jedoch ein Attentat gegen den Präsidenten der Vereinigten Staaten durchzuführen und schnell stehen die Mutanten auf der Abschussliste. William Stryker (Brian Cox) erhält vom Presidenten freie Hand bei seiner Arbeit gegen den Mutantenterror. Das erste Ziel seiner Spezialeinheiten ist die Schule von Proffesor-X (Patrick Stewart). Stryker verfolgt jedoch höhere Ziele und sein heimlicher Plan hat nichts geringeres als den Tod aller Mutanten zum Ziel.
Bryan Singer ist mit seinem Sequal etwas gelungen, das nur sehr wenigen Regisseuren gelingt. Der zweite X-Men Film ist wesentlich besser als sein Vorgänger. Im ersten Teil wurde zwar noch mehr auf Wolverine eingegangen, in diesem Teil lässt er dafür seine Krallen sprechen, wie es Comic Fans von ihm gewohnt sind.
Aber sowieso alles ist besser und größer im nahezu epischen X-Men 2. Man gewinnt mehr den eindruck ein Teil eines grandiosen Gesamtwerkes zusehen und freut sich am Ende auf den dritten Teil, in dem die Dark Phoenix Saga beginnt und garantiert noch einiges mehr passiert.