... todbringenden Seuche heimgesucht, bei der sich die Opfer in untote Bestien verwandeln. Um sich vor der Gefahr zu schützen hat sich ein Großteil der Menschen in gut befestigten Bahnhöfen niedergelassen, die nur mithilfe von gepanzerten Zügen zu erreichen sind. Diese stählernen Festungen sind im Besitz der Bushi, die von ihrem Oberhaupt Kenshô Yomokawa geführt werden. Eines Tages bereist dieser mit seiner Tochter Ayame die Aragane-Station wo sie auf den findigen Mechaniker Ikoma treffen. Dieser hat es sich zur Lebensaufgabe gemacht eine Waffe zu entwickeln, die dazu in der Lage ist die eisernen Herzen der nahezu unverwundbaren Kabane zu durchdringen. Schließlich kommt es zu einem tragischen Zwischenfall, woraufhin die Aragane-Station von den Kreaturen überrannt wird. Auch wenn es Ikoma glückt seine neuartige Waffe erfolgreich einzusetzen, wird er dennoch von einem dieser Monster gebissen. Dank seiner Forschungen über die Kabane gelingt es ihm jedoch das hochaggressive Virus in seinem Organismus zu unterdrücken. Doch Ikomas Körper hat sich bereits verändert und so muss er von nun an seinen Kampf als Kabaneri, halb Mensch halb Kabane, zu Ende führen.