... ahnen noch nichts von dem Unheil, das sich gerade über ihren Köpfen zusammenbraut. Auf dem Mond gelingt Boris der Bestie (Jemaine Clement) der Ausbruch. Der gefährliche Alien-Attentäter war vor 40 Jahren von Agent K verhaftet worden und hatte dabei seinen linken Arm verloren. Entsprechend führt ihn sein erster Weg nach New York, um sich zu rächen, aber J und K gelingt es, den Angriff abzuwehren.
Als J versucht, mehr über Boris herauszubekommen, muss er feststellen, dass ihm der Zugang zu geheimen Informationen verwehrt wird. Auch von seiner neuen Chefin O (Emma Thompson) erfährt er nichts. Nach einem kurzen Telefonat mit K scheint der restliche Abend normal zu verlaufen, aber als J am nächsten Morgen wieder in die Zentrale der "Men in Black" kommt, wird er nicht nur von einem Typen belästigt, bei dem es sich um seinen Partner handeln soll, sondern K ist niemandem mehr bekannt. Von O erfährt er, dass K vor 40 Jahren gestorben sei ...beim Versuch, Boris die Bestie zu verhaften.