... Ikari nach seinem letzten Kampfeinsatz spurlos verschwand. Als sein Körper schließlich im Weltraum entdeckt wird, brechen die EVA-Pilotinnen Asuka Langley und Mari Illustrious auf, um ihn von dort zu bergen. Doch nach seiner Rettung muss Shinji feststellen, dass sich in der Zwischenzeit einiges verändert hat. So hat sich Misato Katsuragi von NERV abgewandt, um ihre eigene Organisation Namens WILLE zu führen. Diese arbeitet konsequent gegen die verbleibenden Mitarbeiter von NERV, die nach wie vor von Shinjis Vater Gendô befehligt werden. Shinji steht nun mit einem Haufen Fragen alleine da, die ihm niemand von der Besatzung beantworten möchte. Als das Schiff von der Evangelion Pilotin Rei Ayanami angegriffen wird, entschließt er sich dazu, sie zum ehemaligen NERV-Hauptquartier zu begleiten. Dort erfährt er schließlich die erschütternde Wahrheit über das, was vor 14 Jahren wirklich geschah. Mit diesem Wissen steht er nun vor einer wichtigen Entscheidung.