... und einer langjährigen Freundin aus Kindheitstagen, arbeitet der selbst ernannte „verrückte Wissenschaftler“ Rintarô Okabe in einem kleinen Labor an seinen mehr oder weniger sinnvollen Erfindungen. Eines Tages gelingt ihm jedoch der unerwartete Durchbruch, als er an einer seiner Errungenschaften – der Telefon-Mikrowelle - tüftelt. Mit dieser Apparatur hat er eine funktionierende Zeitmaschine geschaffen, die dazu in der Lage ist, Nachrichten in die Vergangenheit zu senden. Auf einer Pressekonferenz trifft er schon bald auf die junge Wissenschaftlerin Makise Kuriso, welche sich zunächst skeptisch gegenüber dem Zeitreisen zeigt. Allerdings kann er sie durch erste Experimente schnell von seiner Theorie überzeugen. Doch bereits lange Zeit vor ihm, hat die Organisation SERN eine Maschine entwickelt, die dazu im Stande war, schwarze Löcher zu erzeugen, um somit Zeitreisen erst möglich zu machen. Als er dann mit seinem Team schließlich weitere Nachforschungen anstellt, gelangt er an geheime Protokolle, welche die erschreckenden Versuchsergebnisse von SERN dokumentieren.