... Vorherrschaft des Tokugawa Shogunats hat sich das Land vor sämtlichen Einflüssen aus dem Westen abgeriegelt. Um ihre Machtstellung weiterhin zu sichern und sich gleichzeitig vor subversiven Elementen zu schützen, bildet das Shogunat Elite Samurai aus, welche die bestehende Ordnung im Land aufrechterhalten sollen. Muneakira Yagyû ist einer dieser außergewöhnlichen Schwertkämpfer, der auf Anweisung seiner adeligen Kindheitsfreundin Sen Tokugawa ein leerstehendes Dojo der Akademie übernehmen soll. Doch als er dort ankommt, trifft er auf die Kriegerin Yukimura Sanada und deren Leibwächterin Matabee Gotô, die der verfeindeten Gruppierung der Toyotomi angehören. Wie sich herausstellt, ermitteln diese im Zusammenhang einer unheilvollen Prophezeiung, laut der ganz Japan von einem riesigen Schatten verschlungen werden soll. Nachdem sie schließlich von den Anhängern der Akademie entdeckt werden, ergreifen sie zusammen mit Muneakira die Flucht. Doch dann taucht ganz unvermittelt aus einem grellen Licht, ein junges Mädchen mit enormen Kampfkräften auf, die sich sofort in das Kampfgeschehen einmischt. Schließlich geht das geheimnisvolle Samurai-Mädchen einen Pakt mit Muneakira ein, der sie fortan aneinander bindet.