... stolpert zusammen mit seinem Lehrling Luke immer wieder über merkwürdige Ereignisse, die es für die beiden Rätselfreunde zu lösen gilt.
Der Fall, an den sie sich eines Tages erinnern, startet damit, dass sie zu einer Oper einer ehemaligen Schülerin des Professors, Janice Caitley, eingeladen werden, da Janice ein kleines Mädchen traf, das behauptet die Reinkarnation ihrer verstorbenen Freundin Melina zu sein. Da Janice weiß, dass der Professor sämtlichen Mysterien nachgeht, möchte sie, dass er Nachforschungen anstellt. Nach der Vorstellung stellt sich heraus, dass die Oper nicht die Hauptattraktion des Abends ist. Ein Mann tritt auf die Bühne und verkündet, dass die anwesenden Gäste nun ein Spiel spielen sollen, an dessen Ende der Hauptpreis winkt: das ewige Leben. Luke und Professor Layton sind zunächst verwirrt wegen der Ankündigung, doch dann geht ein Beben durch die Oper und es stellt sich heraus, dass sie eigentlich ein Schiff ist, das gerade vom Festland ablegt. Somit sind die beiden gezwungen dort zu bleiben. Sie steigen ins Spiel mit ein und lösen die Rätsel, die der Leiter ihnen stellt, um dem Geheimnis des ewigen Lebens auf die Spur zu kommen...