... Kampfandroiden von SAINT, bestritten hat kehrt ihr gemeinsames Leben mit Suguru und seinen Freunden endlich zur Normalität zurück, doch nicht für lang.
Eines Tages treffen sie auf ein junges Mädchen namens Minawa, das von einigen Soldaten verfolgt wird und sich als flüchtiger Cyborg einer geheimen Untergrundorganisation namens KEEPER herausstellt. Diese ziehen im Verborgenen die Fäden hinter den öffentlichen politischen Konflikten der Menschheit und planen schon lange dem ständigen Kampf zwischen SAINT und VESPER ein Ende zu machen und die Außerirdischen ein für alle mal zu unterwerfen.
Dazu ist ihnen jedes Mittel recht und so ist Minawa nicht die einzige die unter dem grausamen Forschungsprogramm der KEEPER zu leiden hat und schon bald sehen sich Mahoro und die anderen ihrer bisher größten Bedrohung gegenüber.